南京大虐殺は、日本海軍の爆撃機による南京空襲によって多くの市民が死亡したとされています。さらに、日本陸軍による南京城市陥落の戦闘によって多数の市民も犠牲になったとされています。ただし、多くの市民は欧米の宣教師らが組織した南京安全区国際委員会が管理していた安全区へ非難したため、市民の犠牲者の数は膨大ではないとする意見もあります。

南京城市陥落後の中国兵は、軍服を脱ぎ、市民に紛れて敗走していたところを組織的に攻撃されて死亡した兵士も多かったとされています。この殺害が国際法違反かどうかは、議論になっています。また、戦闘中に降伏した多数の中国兵捕虜を揚子江の河原に集め、数多くの機関銃で一斉に殺戮(さつりく)したとの証言もあります。この捕虜の殺戮は、国際法違反です。